O IDN mantém com regularidade relações multilaterais e bilaterais com instituições congéneres, nacionais e internacionais, algumas das quais com base em protocolos e acordos de cooperação.
Estas relações de cooperação desenvolvem-se sob as mais diversas formas, nomeadamente, na realização de colóquios, seminários, conferências e projectos de investigação conjuntos, no intercâmbio de delegações e publicações, entre outras.

No relacionamento bilateral com entidades nacionais, salienta-se a cooperação com o Instituto de Estudos Superiores Militares, o Instituto Diplomático, Universidades e Institutos de Ensino Superior, e ainda com a Associação Industrial Portuguesa, de que se destaca a criação do Centro de Estudos Eurodefense - Portugal.

Ainda no âmbito bilateral, o IDN mantém uma relação de cooperação diversificada com países que integram a União Europeia, a OTAN, a Comunidade dos Países de Língua Portuguesa (CPLP) e ainda o Magreb e a América Latina.

Relativamente a iniciativas multilaterais com entidades internacionais destacam-se actividades conjuntas com o Colégio de Defesa da OTAN, Colégios de Defesa e Institutos de Estudos de Segurança e Defesa de países que integram a NATO, nomeadamente de Espanha, Itália e França, o Colégio Europeu de Segurança e Defesa e os Colégios de Defesa Ibero-Americanos.

  Protocolos de cooperação