O CDJ tem a duração de três semanas, em regime presencial, e decorre em simultâneo nas instalações do IDN em Lisboa e no Porto. Caso não seja possível realizar o curso de forma presencial este irá ocorrer por videoconferência.
O curso compreende os seguintes tipos de atividades:
- Conferências subordinadas às temáticas da segurança e da defesa, seguidas de debate;
- Trabalhos de grupo sobre temas relacionados com a segurança e a defesa, seguidos de exposição e debate;
- Visitas de estudo a unidades das Forças Armadas, das Forças de Segurança e da Autoridade Nacional de Emergência e Proteção Civil, e eventualmente a outros organismos ou espaços culturais, a designar (a realização das visitas depende se o curso vai ser presencial ou não; depende também da autorização das várias entidades para a sua realização).

O CDJ é frequentado em regime de tempo parcial, com exceção dos dias de abertura e encerramento do curso e das visitas de estudo - casos em que o programa se prolonga normalmente durante todo o dia -, sendo obrigatória a participação em todas as atividades do curso.

Programa provisório do XXI Curso de Defesa para Jovens