O CISEDE tem um formato modular estando previsto no seu plano a realização de três módulos, os dois primeiros com a duração de três manhãs ou tardes e o terceiro com a duração de cinco manhãs ou tardes e subordinados aos seguintes temas: “O Quadro Geral de Segurança e Defesa”, “A Politica de Defesa Nacional” e “A Realidade Regional no campo da Segurança e Defesa”.

Em cada módulo, o CISEDE é composto por conferências e debates sobre temas relativos às temáticas da segurança e defesa.