Para a concretização da sua missão enquanto plataforma de encontro entre as instituições da Segurança e Defesa e a sociedade portuguesa, o IDN conta com uma vasta rede de entidades parceiras nacionais com as quais desenvolve atividades de cooperação nas suas diferentes áreas de atuação, designadamente na investigação científica, formação, extensão e sensibilização e debate. Para além dos protocolos realizados no quadro do Referencial de Educação para a Segurança a Defesa e a Paz, o IDN assinou protocolos com mais de três dezenas de Universidades, Centros de Investigação e outras entidades públicas e privadas.
Centro de Estudos Sociais da Universidade de Coimbra
Centro de Investigação e Estudos de Sociologia
Escola Superior de Educação do Porto
Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa
Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa
Faculdade de Economia da Universidade de Coimbra
Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa
Faculdade de Letras da Universidade do Porto
Instituto de Relações Internacionais da Universidade Nova Lisboa
Instituto Superior de Ciências do Trabalho e da Empresa
Instituto Superior de Ciências Sociais e Políticas
Instituto Universitário Militar
Universidade Autónoma de Lisboa
Universidade Católica Portuguesa
Universidade da Beira Interior
Universidade de Aveiro
Universidade de Évora
Universidade do Minho
Universidade do Porto
Universidade dos Açores
Universidade Fernando Pessoa
Universidade Lusíada
Universidade Lusófona
Universidade Nova de Lisboa
Câmara Municipal de Lisboa
CEGER-Centro de Gestão da Rede Informática do Governo
Confraria das Almas do Corpo Santo de Massarelos
Direção Geral de Recursos da Defesa Nacional
Eurodefense Portugal
Fundação Luso-Americana para o Desenvolvimento
Ministério da Educação
Sindicato dos Jornalistas
Sistema de Informações da República Portuguesa