O IDN tem como visão constituir-se como o principal centro português de pensamento estratégico sobre as questões da segurança e defesa nacional, através das suas atividades de investigação, formação, debate e divulgação. Visa ainda contribuir para o desenvolvimento de uma cultura nacional de segurança e defesa, assumindo-se como plataforma de encontro entre as instituições de segurança e defesa nacional e a sociedade.
O IDN rege-se por um conjunto de valores fundamentais: garantir a diversidade de pensamento e a liberdade de investigação científica, promover o diálogo no seio da sociedade, cultivar uma ética de cidadania e serviço público e fomentar o rigor e a transparência na prossecução das suas atividades.